En la temporada 2003-2004 repite título y también gana la Copa de la UEFA, equipacion francia 2022 logrando así un doblete histórico y situando al Valencia como mejor equipo del mundo del año 2004 según la IFFHS. En la última edición de la Copa de Ferias el equipo cayó en segunda ronda ante el KSK Beveren con gran polémica arbitral en el partido de vuelta.
