Javier Irureta, entrenador procedente del Celta de Vigo, aterriza en el club en la temporada 1998/99 dejándolo en sexta posición, clasificando al equipo en UEFA y alcanzando las semifinales de la Copa del Rey. El equipo fue la sensación de aquella edición donde superó a equipos tales como Defensor Sporting, Sao Caetano, Centro Deportivo Olmedo, Cerro Porteño, River Plate y Rosario Central.
